Η Βενετία στα Κύθηρα (1363-1797) αφού έλαβε υπόψη τη μεγάλη σημασία που είχε το νησί για τη ναυσιπλοϊα λόγω της γεωγραφικής του θέσης, σύστησε 3 καστελλανίες, ή καπετανάτα, στο Βούργο, στον άγιο Δημήτριο και στο Μυλοπόταμο με επικεφαλής τους καπετάνιους, που είχαν καθήκοντα επιτήρησης και φύλαξης της περιοχής.
Το φρούριο του Μυλοποτάμου, που ελέγχει τη θάλασσα του Ιονίου, αναφέρεται στους περιηγητές το 1532. Μετά την επιδρομή του Βαρβαρόσα το 1537 ενισχύθηκε η οχύρωση και κατοίκησαν 50 οικογένειες προερχόμενες από το κατεστραμμένο κάστρο του αγίου Δημητρίου.
Το 1565 απέκτησε μνημειώδη είσοδο με το Μαρκιανό λέοντα. Εντός του φρουρίου δημιουργήθηκε ένας πανέμορφος οικισμός με σπίτια ανώγια και κατώγια, με σκάλες εξωτερικές, με λουλουδιέρες, με νοικοκυριά, με πατητήρια, φουρνάκια, τα οποία κατοικούνταν μέχρι τη δεκαετία του ’50, οπότε εγκαταλείφθηκαν και από τους τελευταίους κατοίκους τους. Το κάστρο περικλείει μια αληθινή μεσαιωνική νεκρόπολη με 9 εκκλησίες που ανήκουν στο 16ο-17ο αι. στεγασμένες με σχιστόπλακες, γεμάτες τοιχογραφίες: Η Παναγία η Μεσοσπορίτισσα, ο Προφήτης Ηλίας, ο άγιος Αθανάσιος, ο Θεολόγος, οι άγιοι Ανάργυροι, ο άγιος Νικόλαος, οι άγιοι Πάντες, ο Πρόδρομος και η Μεταμόρφωση. Κατά το 18ο και 19ο αι. μέσα στο κάστρο λειτουργούσαν 4 ενορίες και οι ενταφιασμοί των ενοριτών γίνονταν εντός των ναών.
Έξω από το κάστρο δημιουργήθηκε ο παραδοσιακός οικισμός της Κάτω Χώρας με τα πανέμορφα σπίτια, τις εκκλησιές και το αλληλοδιδακτικό σχολείο της Αγγλοκρατίας.