Δύο από τους γνωστότερους και δημοφιλέστερους μύθους της αρχαίας Ελληνικής μυθολογίας συνδέονται με τα Κύθηρα.
Ο ένας είναι ο μύθος της Κυθέρειας, της αναδυομένης Ουράνιας Αφροδίτης, που, κατά τη Θεογονία του Ησιόδου, γεννήθηκε στη θάλασσα των Κυθήρων και στα Κύθηρα πάτησε για πρώτη φορά τη γη. Από τότε τα Κύθηρα αποκαλούνται «ζάθεα» δηλ. ιερά. Η Αφροδίτη, λέει ο λαός των Κυθήρων, άφησε το αποτύπωμα του θεϊκού στήθους της στους δύο ημικυκλικούς κολπίσκους του Καψαλίου. Και τα μοναδικά αρωματικά μηλοροδάκινα των Μητάτων τα λέμε «μαστούς της Αφροδίτης»
Ο δεύτερος μύθος λέει πως το διασημότερο ερωτικό ζευγάρι της μυθολογίας μας, ο Πάρις και η Ωραία Ελένη, μετά την απαγωγή βρήκαν καταφύγιο στα Κύθηρα, στη νεραϊδοσπηλέα του Μυλοποτάμου. Μία από τις πιο εντυπωσιακές αίθουσες του σπηλαίου έχει την ονομασία «τα λουτρά της Αφροδίτης»