Η περίοδος των 300 χρόνων από το 673 μέχρι το 961 μ.χ. είναι για τα Κύθηρα οι λεγόμενοι «σκοτεινοί χρόνοι».
Ήταν τότε που οι Άραβες κατέκτησαν την Κρήτη και ρήμαξαν τα Κύθηρα με τις επιδρομές τους. Το νησί ερημώθηκε και οι Άραβες χρησιμοποίησαν τις βραχώδεις ακτές του σαν ορμητήρια στις επιδρομές τους. Κρυμμένοι στους δυσπρόσιτους όρμους των Κυθήρων έγιναν ο φόβος και ο τρόμος στα περαστικά καράβια. Τα Κύθηρα «έρημα και αοίκητα» έγιναν απλησίαστα «ως φωλεός των αθέων Αγαρηνών» σύμφωνα με το συναξάρι του οσίου Θεοδώρου.
Μόλις ησύχασε η θάλασσα των Κυθήρων από τους Άραβες το 961, τότε που τους έδιωξε από την Κρήτη ο Νικηφόρος Φωκάς, τα Κύθηρα σιγά σιγά ξανακατοικήθηκαν.
Σύμφωνα με ένα ανώνυμο χρονικό του 16ου αι. που βρέθηκε στη Βενετία, εκείνη την περίοδο, δηλ. μετά το 961, πρόσφυγες από την Πελοπόννησο ήρθαν στα Κύθηρα και εγκαταστάθηκαν σε ένα ύψωμα στα βόρεια των Κυθήρων, κοντά στην αγία Πελαγία, απέναντι από τη Νεάπολη της Λακωνίας και δημιούργησαν ένα οικισμό που ονομάστηκε Κολοκυθιά, από τον οποίο σώζεται ο ναός του αγίου Γεωργίου και λείψανα βυζαντινών οχυρώσεων.