Σήμερα στον κόσμο της πληροφορικής κρυφές λειτουργίες εννοούμε εφαρμογές στους υπολογιστές που ελάχιστοι γνωρίζουν και διευκολύνουν την καθημερινότητα.
Στα Κύθηρα «κρυφολειτουργίες» λέμε τις κρυφές συνεννοήσεις με πονηρό σκοπό, τις πονηρές μικροσυνωμοσίες, τις υποβρύχιες δράσεις πονηρών ανθρώπων. Η λέξη έρχεται από πολύ παλιά και έχει την εξής ιστορία. Τα παλιά τα χρόνια, όταν αρρώσταινε κάποιος, καλούσαν τον ιερέα μυστικά και του ανέθεταν να κάνει για τη σωτηρία του ασθενούς μια κρυφή λειτουργία, δηλ. νύχτα κρυφά, μακριά από τα βλέμματα και κατά προτίμησιν σε ένα ξωκκλήσι. Όμως με αυτό τον τρόπο μπορούσε την ίδια μέρα, στον ίδιο ναό, στο ίδιο θυσιαστήριο να τελεσθούν δύο λειτουργίες, από δύο ιερείς σε διαφορετική ώρα, πράγμα που απαγορεύεται κατά τους εκκλησιαστικούς κανόνες.
Έτσι στους κώδικες των Κυθηρίων Επισκόπων του 18ου αι. η συνήθεια αυτή αναφέρεται ως παράνομη και καταισχύνης άξια « όπου θέλουσιν πολλοί ανόητοι» και την απαγορεύουν αυστηρά στους ιερείς «εν βάρει αργίας και καθαιρέσεως»