Το 1669, όταν η Κρήτη έπεσε στα χέρια των Τούρκων, τα Κύθηρα γέμισαν Κρητικούς πρόσφυγες, εκ των οποίων άλλοι ρίζωσαν στα Κύθηρα και άλλοι προχώρησαν στα Ιόνια νησιά. Στη Χώρα εγκαταστάθηκαν σε μια συνοικία που ονομάστηκε Σφακιανά.
10 χρόνια μετά την εγκατάστασή τους, το Νοέμβριο του 1679, εγκαινίασαν δική τους εκκλησία, την οποία έχτισαν με κόπους και έξοδα δικά τους και την αφιέρωσαν στη Μεταμόρφωση. Έτσι έμεινε από τότε ο Σωτήρας των Σφακιανών. Εσωτερικά πάνω από την είσοδο του ναού είναι εντοιχισμένη η κτητορική επιγραφή:
ΑΝΗΓΕΡΘΗ ΟΥΤΟΣ Ο ΘΕΙΟΣ ΚΑΙ ΠΑΝΣΕΠΤΟΣ ΝΑΟΣ ΤΟΥ ΚΥΡΙΟΥ ΚΑΙ ΣΩΤΗΡΟΣ ΗΜΩΝ ΙΗΣΟΥ ΧΡΙΣΤΟΥ ΕΚ ΒΑΘΡΩΝ ΓΗΣ ΥΠΟ ΕΞΟΔΟΥ ΚΑΙ ΚΟΠΟΥ ΓΕΡΑΣΗΜΟΥ ΣΑΡΑΚΗΝΟΥ ΜΟΝΑΧΟΥ, ΦΡΑΝΓΓΗΣΚΟΥ ΠΑΤΕΡΟΥ, ΙΩΑΝΝΟΥ ΠΑΤΕΡΟΥ ΚΑΙ ΓΕΩΡΓΙΟΥ ΣΑΡΑΚΗΝΟΥ ΠΟΤΕ ΒΑΡΔΑ ΤΩΝ ΣΦΑΚΙΑΝΩΝ ΚΑΙ ΜΑΣΤΡΟ ΚΕΚΟΥ ΡΟΔΙΤΗ ΕΙΣ ΜΝΗΜΟΣΥΝΟΝ ΑΙΩΝΙΟΝ ΑΥΤΩΝ ΚΑΙ ΤΕΚΝΩΝ ΑΥΤΩΝ ΚΑΤΑ ΤΩ ΑΧΟΘ ΕΝ ΜΗΝΥ ΝΟΕΜΒΡΙΟΥ ΚΗ