Εκτίσθη το 1679 από Σφακιανούς πρόσφυγες. Με την Τουρκική κατάκτηση της Μεγαλονήσου, η Κρητική παρουσία στον Κυθηραϊκό χώρο έγινε εντονότερη. Μετά την άλωση των Χανίων και αργότερα με την πτώση του Χάνδακα και της Σούδας πολλές Κρητικές οικογένειες ζήτησαν καταφύγιο στο νησί των Κυθήρων.
Η συνοικία που δημιουργήθηκε από Σφακιανούς γύρω από το ναό ονομάστηκε Σφακιανά. Στον εσωτερικό τοίχο του ναού πάνω από την είσοδο είναι εντοιχισμένη αναμνηστική πλάκα με την κτητορική επιγραφή <<ΑΝΗΓΕΡΘΗ ΟΥΤΟΣ Ο ΠΑΝΣΕΠΤΟΣ ΝΑΟΣ ΤΟΥ ΚΥΡΙΟΥ ΚΑΙ ΘΕΟΥ ΚΑΙ ΣΩΤΗΡΟΣ ΗΜΩΝ ΙΗΣΟΥ ΧΡΙΣΤΟΥ ΕΚ ΒΑΘΡΩΝ ΓΗΣ ΥΠΟ ΕΞΟΔΟΥ ΚΑΙ ΚΟΠΟΥ ΓΕΡΑΣΙΜΟΥ ΣΑΡΑΚΗΝΟΥ ΜΟΝΑΧΟΥ, ΦΡΑΓΓΙΣΚΟΥ ΠΑΤΕΡΟΥ, ΙΩΑΝΝΟΥ ΠΑΤΕΡΟΥ ΚΑΙ ΓΕΩΡΓΙΟΥ ΣΑΡΑΚΗΝΟΥ ΠΟΤΕ ΒΑΡΔΑ ΤΩΝ ΣΦΑΚΙΑΝΩΝ, ΜΑΣΤΡΟ ΚΕΚΟΥ ΡΟΔΙΤΗ ΕΙΣ ΜΝΗΜΟΣΥΝΟΝ ΑΙΩΝΙΟΝ ΑΥΤΩΝ ΚΑΙ ΤΕΚΝΩΝ ΑΥΤΩΝ ΚΑΤΑ ΤΟ ΑΧΟΘ ΕΝ ΜΗΝΙ ΝΟΕΜΒΡΙΟΥ ΚΗ >>
Ο ναός καθιερώθηκε στη Μεταμόρφωση του Σωτήρος και εορτάζει στις 6 Αυγούστου. Αρχικά είχε ξύλινο τέμπλο, το οποίο δεν διεσώθη. Το μαρμάρινο είναι έργο του 1896, του Τηνίου καλλιτέχνη Γεωργίου Καπαριά. Η εικόνα του Χριστού στο τέμπλο έχει αργυρή επένδυση, έργο του καλλιτέχνη της Μυρτιδιώτισσας Νικολάου Σπιθάκη, χρυσοχόου, περί τα μέσα του 19ου αι. Έργο του ιδίου είναι και το αργυρούν επιχρυσωμένον ένδυμα της Ελεούσας στο προσκυνητάρι της στο μέσον του ναού.