Η Δέσποινα μαρτυρείται σαν εξωμόνιο το 1697 στον κατάλογο του Επισκόπου Νεκταρίου Βενιέρη. Στον κώδικα του Επισκόπου Νικηφόρου Μόρμορη μαρτυρείται το 1759 σαν «εξωμόνιον στα μέρη του Καραβά» με νοικοκυραίους τους αδελφούς Γεώργιο, Δημήτριο και Αναστάσιο Διακόπουλο.
Κατά το 1926 ξεκίνησε με πρωτοβουλία του ιερομονάχου Παϊσιου Διακόπουλου η ανέγερση του νέου ναού. Το παλαιόν εξωμόνιον κατεδαφίστηκε και στη θέση του αναγέρθηκε νέος μεγαλοπρεπής ναός σταυροειδής με τρούλο.
Κατά τα δύο τελευταία χρόνια πραγματοποιήθηκε γενική ανακαίνιση εσωτερικά και εξωτερικά με τη γενναία δωρεά του Μηνά Σουρή και την ακοίμητη φροντίδα του εφημέριου π. Παναγιώτη Διακόπουλου. Ο Μηνάς Σουρής γεννήθηκε στα Διακοπουλιάνικα και μεγάλωσε στην αγία Πελαγία, όπου νεαρός δούλεψε σαν καραβομαραγκός ακολουθώντας το επάγγελμα του πατέρα του. Σε ηλικία 30 ετών μετανάστευσε στο Σίδνεϋ, όπου οργάνωσε μια επιχείρηση εμπορίας κρέατος, η οπoία γνώρισε μεγάλη επιτυχία. Στην ξενητειά δημιούργησε οικογένεια, αλλά ποτέ δεν λησμόνησε την γενέτειρα. Στην Αγία Πελαγία έκανε μια πολύ αξιόλογη επένδυση, μια ξενοδοχειακή μονάδα, το ξενοδοχείο ROMANTICA, το οποίο μαζί με τα άλλα συμβάλλει καθοριστικά στην ανάπτυξη του τουρισμού στα Κύθηρα. Η προσφορά του κ. Σουρή στο νησί είναι γνωστή και πολλές φορές άγνωστη και αθόρυβη, αλλά ουσιαστική και δημιουργική. Οι εργασίες στη Δέσποινα βρίσκονται στην τελευταία φάση. Τώρα πλέον απομένει ο εξωραϊσμός του προαυλίου.