Σήμερα 12 Μαϊου τα Κύθηρα γιορτάζουν τον πολιούχο τους όσιο Θεόδωρο. Σύμφωνα με το συναξάριο του 10ου αι. ο όσιος γεννήθηκε στην Κορώνη περί το 880. Περί το 921 ο όσιος έφθασε στα Κύθηρα, όταν η νήσος ήταν «έρημος και αοίκητος» λόγω των Σαρακηνών της Κρήτης. Στα Κύθηρα εμόνασε στον παλαιοχριστιανικό ναό των αγίων Σεργίου και Βάκχου, που φαίνεται είχε ιδρυθεί στη θέση ειδωλολατρικού ναού προς τιμήν του Διονύσου. Το 922 ο όσιος εκοιμήθη. Μονεμβασιώτες ναυτικοί βρήκαν το σκήνωμά του, το έθαψαν και ο παλαιοχριστιανικός ναός αφιερώθηκε σ’ αυτόν.
Με την πάροδο του χρόνου δημιουργήθηκε μοναστήρι, το οποίο κατά το 13ο-14ο αι. ανήκε στη δικαιοδοσία των Βενετών φεουδαρχών Βενιέρων. Περί το 1630 ο Επίσκοπος Κυθήρων Αθανάσιος Βαλεριανός ίδρυσε το νέο ναό.
Πάνω από την είσοδο εντοιχίστηκε εντυπωσιακός θυρεός με αναμνηστική πλάκα, η οποία φέρει την εξής επιγραφή «ΕΠΤΑΣΟ ΤΟΙΣ ΔΙΟΝΥΣΙΑΚΟΙΣ ΑΘΑΝΑΣΙΕ ΠΡΟΦΡΩΝ ΑΓΛΑΪΣΙ ΠΤΙΛΟΙΣ ΥΨΙΘΡΟΝΩ ΤΕΜΕΝΕΙ. ΟΞΥΤΑΤΟΙΣ ΔΕ ΜΑΚΑΡ ΑΡΕΤΑΩΝ ΒΕΝΘΕΣΙΝ ΑΥΘΙΣ ΦΩΣ ΛΗΨΗ ΑΠΛΕΤΟΝ ΤΡΙΑΔΟΣ ΟΥΡΑΝΙΟΥ» Σε ελεύθερη απόδοση «Αθανάσιε ζηλωτή, πέταξες ψηλά με λαμπρά φτερά και ξεπέρασες τη Διονυσιακή λατρεία και ανέδειξες τον παλιό ναό του Διονύσου σε περίλαμπρο τέμενος. Με το άπειρο δε βάθος της αρετής σου θα λάβεις άπλετο το φως της ουρανίου Τριάδος»
Ο Βαλεριανός φαίνεται ότι σε συνεργασία με τον Κυθήριο σοφό Ιωάννη Κωτούνιο ίδρυσαν και τη σχολή του αγίου Θεοδώρου, δίπλα στο ναό, η οποία χρησιμοποιήθηκε σαν αλληλοδιδακτικό σχολείο επί Αγγλοκρατίας. Το 1637 από τα Κύθηρα μετετέθη στη μητρόπολη Φιλαδελφείας-Βενετίας.