Ο Μάξιμος Μαργούνιος ήταν Κρητικός και γεννήθηκε στο Ηράκλειο το 1549. Σπούδασε στην Πάδοβα φιλολογία, φιλοσοφία, θεολογία, ιατρική, νομική και αναδείχθηκε ένας από τους σοφότερους ανθρώπους του 16ου αι.
Αυτή η μεγάλη προσωπικότητα εκινείτο μεταξύ Βενετίας, Κρήτης και Κων/πόλεως συγγράφοντας βαθυστόχαστα έργα, συνθέτοντας ποιήματα σαν άριστος λυρικός ποιητής που ήταν και αλληλογραφώντας με τις μεγαλύτερες προσωπικότητες της εποχής του. Ο Πατριάρχης θέλησε να τον κρατήσει κοντά του, ώστε με την προσωπικότητα και τη μόρφωσή του να υπηρετήσει το Πατριαρχείο, εκείνος όμως προτίμησε τον τίτλο του «ταπεινού Επισκόπου Κυθήρων»
Προτίμησε τα γαλήνια Βενετοκρατούμενα Κύθηρα από το περιβάλλον του Πατριαρχείου με την Οθωμανική κηδεμονία. Έτσι εξελέγη από τον Αρχιεπίσκοπο Μονεμβασίας το 1584 Επίσκοπος Κυθήρων, διότι ως γνωστόν, η Επισκοπή των Κυθήρων, από τις αρχαιότερες στη Ελλάδα, ανήκει στην Αρχιεπισκοπή Μονεμβασίας από το 1301 με χρυσόβουλο του Αυτοκράτορα Ανδρονίκου Πλαιολόγου.
Έτσι ο Μαργούνιος έμεινε γνωστός στην ιστορία ως Επίσκοπος Κυθήρων, έτσι υπέγραφε και με αυτό τον τίτλο αναγράφεται στα βιβλία του. Ήρθε στα Κύθηρα από την Κρήτη, όπου παρέμεινε κάποιο διάστημα, αλλά δυστυχώς ο Βενετός Προνοητής των Κυθήρων δεν του επέτρεψε να αναλάβει το θρόνο της Επισκοπής και άρχισε μια αλληλογραφία με το Δόγη της Βενετίας, η οποία δεν κατέληξε πουθενά.
Οι ίδιοι οι Κυθήριοι έκαναν αναφορές και αιτήματα, αλλά χωρίς αποτέλεσμα, διότι διαρκώς παρουσιάζονταν εμπόδια ανυπέρβλητα. Φαίνεται ότι αυτός ο σοφότατος ιεράρχης, ο γίγαντας των πνευματικών ανθρώπων της εποχής του, ο πολυγραφότατος, ο μετριοπαθής και συμφιλιωτικός, ο ανθρωπιστής θεολόγος, έπεσε θύμα σκευωρίας των Λατίνων.
Ο Μαργούνιος στα Κύθηρα αρρώστησε από νεφρίτιδα και συνέταξε τη διαθήκη του. Τελικά πέθανε στη Βενετία το 1602. Στα Κύθηρα στο αρχείο της οικογένειας Καλούτση υπήρχαν 160 ανέκδοτες επιστολές του.