Η πλέον μακρόχρονη κατάκτηση στα Κύθηρα είναι των Βενετών, από τις αρχές του 13ου αι. μέχρι την κατάλυση της Γαληνοτάτης Δημοκρατίας το 1797, με ένα μικρό διάλειμμα Βυζαντινής κυριαρχίας από το 1275 μέχρι το 1302 και αργότερα Τουρκικής κυριαρχίας το 1715 μέχρι το 1716. Ο 16ος αι. βρίσκει τα Κύθηρα κάτω από την κυριαρχία της Γαληνοτάτης και των Βενιέρων, οι οποίοι εφαρμόζουν το φεουδαρχικό σύστημα.
Το νησί είναι μοιρασμένο σε 24 τιμάρια, εκ των οποίων τα 13 κατέχουν οι Βενετοί και τα 11 η οικογένεια των φεουδαρχών Βενιέρων. Μέχρι το 1504 η Βενετία διόριζε Καστελλάνο και στη συνέχεια Προβλεπτή με διετή θητεία.
Λόγω του Βενετοτουρκικού ανταγωνισμού και των πολέμων, στους οποίους ενεπλάκησαν και άλλες Ευρωπαϊκές δυνάμεις, η γεωγραφική θέση των Κυθήρων θεωρείται εξόχως σημαντική για την προστασία της Κρήτης και της ναυσιπλοΐας, ιδιαίτερα μετά την απώλεια της Μονεμβασίας και του Ναυπλίου.
Έτσι η Βενετία φρόντισε να οχυρώσει τα Κύθηρα με φρούρια και πύργους-παρατηρητήρια για τον έλεγχο των θαλασσών. Η μεγάλη μάστιγα της εποχής ήταν η πειρατεία, από την οποία ιδιαίτερα δοκιμάστηκαν τα Κύθηρα και η μεγαλύτερη καταστροφή στην ιστορία των Κυθήρων ήταν η επιδρομή του Βαρβαρόσσα, αρχιναύαρχου του Τουρκικού στόλου, το 1537, κατά την οποία κατεστράφη η Παληόχωρα, η Βυζαντινή πρωτεύουσα των Κυθήρων.
Μέχρι το 1669, έτος της κατάληψης της Κρήτης υπό των Τούρκων, τα Κύθηρα υπάγονταν στην Ενετική διοίκηση της Κρήτης. Μετά το 1669 υπάγονταν στην Κέρκυρα. Με την άλωση της Κρήτης ένα κύμα Κρητών προσφύγων κατέφυγε στα Κύθηρα, μεταξύ των οποίων πολλές ισχυρές οικογένειες, οι οποίες μετέφεραν τα κειμήλιά τους.
Οι συνεχείς πόλεμοι και το νέο πνεύμα με την Αμερικανική και τη Γαλλική Επανάσταση έφεραν την παρακμή της Βενετικής κυριαρχίας. Ο Μέγας Ναπολέων κατέλυσε αυτή τη μικρή αυτοκρατορία το 1797.